Сегодня в Казахстане остро стоит вопрос, связанный с уменьшением количества учащихся в школах с национальным языком обучения. По данным 2006 года в Республике Казахстан обучающихся на узбекском языке составляли 82 974 человека, на уйгурском - 17 525, на таджикском - 3 225, на немецком - 485, на украинском - 178. Все эти школы в данный период претерпевают серьезные проблемы, так как большое количество учеников перестали получать среднее образования на своём языке и предпочитают уходить в школы с русским или казахским языками обучения. И сейчас наблюдается крупный отток учащихся из школ, где преподавание ведется на национальном языке.

         Подобная ситуация сложилась и в школах с уйгурским языком обучения. В период Советского Союза, когда государство основательно занималось проблемой ликвидации безграмотности, очень много внимания уделялось школам национальных меньшинств. В тот период количество учащихся в уйгурских школах достигало 33 тысячи человек, сейчас же учащихся всего 16 тысяч, то есть в два раза меньше по сравнению с тем периодом.
         В Казахстане существует 14 школ, обучающих детей только на уйгурском языке и около 50 школ, так называемых, "смешанных", где просто имеются классы с уйгурским языком обучения. Актуальность в увеличении количества уйгурских школ заключается в первую очередь в том, чтобы сохранить родной язык нацменьшинств. Именно национальные школы на сегодняшний день, являются основой сохранения культуры этноса.
         Кроме того, одной из главных проблем в уйгурских школах является недостаточное оснащение материально-технической базой, причем зачастую - по тем предметам, которые являются обязательными в программе среднего образования. К примеру, в одной из школ города первом классе при количестве учащихся 20 человек учебники по казахскому языку полностью отсутствуют. В третьем классе при 32 учениках нет ни одного учебника по русскому языку. В 6 классе из 32 учеников двенадцати ученикам не хватает учебников по Истории древнего Казахстана. В 8 классе ровно у половины учеников на уроках отсутствует учебник алгебры. У выпускников, которым предстоит сдавать Историю Казахстана, как обязательный предмет в конце 11 класса, полностью отсутствуют учебники по Истории. И подобные неутешительные данные присутствуют практически во всех уйгурских школах.
         Одной из причин отсутствия в школах стандартных класс-комплектов, учебников, подключения к Интернету является не достаточное финансирование. Однако по словам председателя совета по образованию республиканского культурного центра республики Казахстан Алимжана Хамраева, самой главной причиной в ослаблении уйгурских школ является отсутствие должного внимания к ним со стороны государства.
         - После того, как Казахстан обрел независимость, он прошел очень сложный этап своего восстановления. И в это время не было оказано должного внимания уйгурским школам. За это время не решались проблемы финансирования, а сейчас, когда проблемы усугубились, решать их становится еще сложнее. Вопросы надо было решать в идеологическом плане, то есть уйгурские школы, да и не только, а все школы с национальным языком обучения, как необходимая часть всей казахстанской системы среднего образования. Обеспечение этих школ совершалось по остаточному принципу. И в результате уйгурские школы находятся в полном идеологическом и образовательном кризисе - не хватает финансирования и внимания со стороны государства.
         По данным независимых экспертов культуры малочисленных народов, уйгурские школы начали открываться еще в царской России. Эти школы в основном открывались в приграничных районах Казахстана с Китаем, в том числе - для и на фоне улучшения торговых отношений между двумя государствами. В уйгурских школах обучались дети, на которых в будущем возлагались надежды по ведению торговли с китайским соседом, так как они прекрасно знали быт и культуру Китая, понимали язык.
         В 1958 году в СССР была принята особая программа развития уйгурских школ в Казахстане. В данной программе участвовали все государственные чиновники высшего ранга. И только после этого начали выделяться средства, вследствие чего уйгурские школы стали развиваться. В Казахстанском национальном педагогическом университете им. Абая открылись отделения, подготавливающие квалифицированные кадры для преподавания в школах на уйгурском языке. В результате этой программы стало стремительно развиваться национальная культура уйгурского народа. Появилось большое количество актеров, художников, писателей и поэтов. Сейчас же ситуация с кадрами оставляет желать лучшего. Во многих школах один и тот же учитель преподает и математику, и физику, и химию.
         Другим серьезным этапом для школ с национальным языком обучения, в том числе и уйгурских, стало ведение ЕНТ (Единого Национального Тестирования) в 2004 году. ЕНТ было введено как универсальный экзаменационный этап для выпускников школ и тех, кто хочет поступить в ВУЗ. По результатам ЕНТ, собственно, молодежь выбирает ВУЗы, получает гранты на обучение, либо теряет шансы на высшее образование. Но проблема всех малых этносов в том, что участвовать в ЕНТ имеют право только выпускники 2 типов школ: школ с русским и казахским языками обучения. Все остальные школы должны проходить, так называемое, комплексное тестирование. Это другая процедура, по которой практически не ведётся целенаправленной подготовки экзаменующихся, отсутствуют подготовительные тесты и др. Комплексное тестирование проходит позже, чем ЕНТ, когда основная масса выпускников уже сдали тесты и отдыхают. Кроме того, по мнению многих выпускников, в комплексном тестировании гораздо больше коррупции. По мнению Алимжана Хамраева, большим минусом является также то, что школьники воспринимают комплексное тестирование, как психологический барьер, и начинают переходить в школы с государственным (казахским) либо русским языками обучения.
         "Самый актуальный вопрос на сегодняшний день - вопрос дальнейшего развития школ с уйгурским языком обучения. Мы постоянно должны думать о качестве образования в национальных школах, от этого зависит будущее уйгурской молодежи, - высказала свое мнение Саниям Зульярова, одна из представителей координационного совета национального образования (по делам уйгурских школ). - Однако, стоит очень серьезный вопрос по поводу дошкольного образования, так как для детей этого возраста не существует воскресных школ на уйгурском языке обучения. Они приходят в школы абсолютно неподготовленными".
         По словам Алимжана Хамраева, школы с национальным языком обучения имеют существенное значение. "Любому ребенку необходимо объяснять законы другого языка сначала на родном языке. На родном языке ребенок лучше начинает понимать, как строить фразы, например, на английском. Но в связи с тем, что не хватает учебных пособий, квалифицированных учителей, дети уходят в другие школы. Многие это объясняют тем, что хотят, как ученики остальных школ, сдавать ЕНТ. За свою историю уйгурские школы, переживали несколько "упадков". После 20-х годов было серьезное увеличение количества школ на уйгурском языке. Школы стали открываться везде в связи с программой ликвидации неграмотности. Потом значительные изменения внесли годы репрессий и война. Все это пагубно сказалось на уйгурских школах, и их стали закрывать. И начиная только с 1958 года, реализовалась новая программа по улучшению образования в школах на уйгурском языке".