Уйгуры, проживающие в странах Центральной Азии, стали своеобразной разменной монетой в отношениях с Китайской народной республикой. С начала 1990-ых годов прошлого столетия резко возросла политическая активность уйгуров в регионе. Появились новые газеты, общественные организации. Активизировалась деятельность национально-культурных центров. Такая активизация уйгурских организаций в регионе встретила настороженность официальных властей Китая, которая муссирует вопрос о, так называемом, уйгурском сепаратизме и экстремизме, создавая образ врага в лице уйгуров.

         В Кыргызстане уйгуры играют активную роль в общественно-политической жизни страны, балансируя на поддержке развития уйгурской культуры и политического самосознания, что не всегда адекватно воспринимается официальными властями не только Китая, но и Кыргызстана.
         Пожалуй, самым скандальным случаем был запрет официальных властей Кыргызстана на проведение торжественного собрания, посвященного 15-й годовщине Уйгурского национально-культурного центра «Иттипак» в Бишкеке, в декабре 2004 года. Экс-государственный секретарь страны Осмонакун Ибраимов заявил руководству «Иттипака», что запрет связан с интервью президента «Иттипака» Розмухамета Абдулбакиева газете «Агым\Течение», в котором лидер общины уйгуров в Кыргызстане сказал, что в будущем Синьцзян-Уйгурский район должен обрести независимость от Китая. По словам Ибраимова неосторожное интервью Абдулбакиева осложнило дипломатические отношения между Китаем и Кыргызстаном.
         По официальным данным, в Кыргызстане уйгуры компактно проживают в Чуйской долине, в городах Жалалабат и Ош, в известном селении Кашгар-Кишлак, которое так названо, из-за выходцев из древнего города Кашгара. «Наши предки родом из Кашгара, что сейчас в Китае находится. До сих пор многих местных людей называют «Кашгарлык», что значит «Кашгарец»»- говорит Хашимов Одилбек, этнический уйгур, проживающий в селении Кашгар-Кишлак, что в окрестностях города Ош.
         Согласно официальным данным в Кыргызстане проживают 43,3 тысячи уйгуров, а по неофициальным - около пятидесяти тысячи. В Ошской же области, в самом густонаселенном регионе страны проживают свыше одиннадцати тысяч уйгуров. Хотя, только в одном Кашгар-Кишлаке населения столько, сколько уйгуров по статистике в Ошской области.
         Такое небольшое число «официальных» уйгуров объясняется тем, что подавляющее большинство уйгуров идентифицируют себя как узбеков. И в официальных документах они записаны как узбеки. Это объясняется смешанными браками, культурной ассимиляцией с узбеками, как представителями наиболее близкого по ментальности народа.
         Об этом же говорит президент Национально-культурного центра уйгуров Ошской области Оринбаев Хамрожон: «Трудно определить точно количество уйгуров в нашем регионе, потому что есть семьи, где старший брат по паспорту уйгур, а младшего записали узбеком. Отсутствие уйгурских школ, компактное проживание вместе с узбеками и кыргызами привело к тому, что многие уже забыли свой родной язык и уже по самосознанию считают себя узбеками».
         Чтобы хоть как-то разрешить эту ситуацию, национально-культурный центр уйгуров пытался организовать воскресные школы уйгурского языка, но столкнулись с проблемой нехватки учебников и учителей, знающих уйгурский язык.
         Хотя, еще с 1994 года в Бишкеке в национальном государственном университете существует факультет уйгурской филологии, где, в принципе, готовят таких преподавателей. Но, где они? На этот вопрос никто не может ответить. Уйгуры достаточно многочисленный этнос в Кыргызстане, несмотря на скудные официальные данные. Но, при этом нет ни одной даже воскресной школы, чтобы знать и помнить свой родной язык. Ситуация с развитием уйгурского языка относительно лучше в Казахстане, где есть около 70 уйгурских школ.
         Примечательно, что, несмотря на такое положение уйгурского языка в Кыргызстане, на юге страны очень популярны телесериалы на уйгурском языке, привезенные из Восточного Туркестана. Каждую субботу, местный частный телеканал «ОшТВ» показывает фильмы на уйгурском языке. По словам главного редактора данного телеканала Собиржона Ахророва, показ уйгурских фильмов никак не связан с количеством уйгурского этноса в регионе. Просто есть спрос на эти фильмы.
         Нежелание решать вопросы культурного просвещения уйгуров в странах Центральной Азии объясняется излишней политизированностью проблемы уйгурских общин в регионе. Действующие в Европе уйгурские общественные организации считают все судебные дела против уйгуров в Центральной Азии политизированными и сфабрикованными. В Кыргызстане официальные власти напрямую связывают цепь террористических актов стране, имевших место в 2002-2003 годах с уйгурскими сепаратистами.