В период Турфанского идыкутства уйгуры исповедовали буддийскую и манихейскую религии. Уйгуры, проживавшие на западных территориях Кучара, были мусульманами (после Х в.). Уйгуры Турфанского района вплоть до ХV в. оставались буддистами.
         Восточный Туркестан являлся второй родиной буддизма. Эта религия через Восточный Туркестан, в частности, через Турфанский оазис, распространилась в Китай. Турфанский оазис еще в I и II вв. н.э. являлся очагом буддизма. После образования Турфанского идыкутства он стал распространяться дальше и достиг расцвета. Главной причиной этому было то, что сам верховный владыка идыкут исповедовал эту религию и утвердил его в качестве государственной религии. Буддизм находился под защитой самого государства, что способствовало широкому его распространению среди уйгурского населения и распусканию корней в этом регионе. В конечном итоге, буддизм занял место манихейства. Тем не менее, правительство Турфанского идыкутства не препятствовало существованию манихейства. Поэтому религии в Турфанском государстве конкурировала друг с другом. Однако все же буддизм занимал главенствующее положение среди всех религий. По сведениям Ван Яньдэ, в конце Х в. в одном лишь городе Кочу имелось 50 буддийских храмов и в них полностью были сохранены буддийские писания (номы) [13]. В этих храмах обучалось основам буддизма множество учеников. Уйгурские буддисты были не только в Турфанском оазисе, но и распространяли свою религию на территории Китая. Необходимо отметить, что в распространении буддизма и распускании его корней в Китае огромная роль принадлежала именно уйгурам.
         Знаменитый буддийский ученый Кумараджива в IV в. посетил Китай. Он перевел буддийские писания (номы) на китайский язык и прокомментировал их содержание [14]. Развитие и процветание буддизма в период Турфанского идыкутства превратили районы Турфана в один из крупных культурных центров Центральной и Восточной Азии. Такое положение повысило авторитет этого района во всей Центральной, Восточной и Южной Азии. И поэтому же многие уйгурские монахи, монахини приобрели большой авторитет в Центральной и Восточной Азии [15]. Даже в качестве послов они посещали киданьское государство, династию Северная Сун, государства тангутов (Си Ся и чжурчженей (Цзинь) [16]. В этих государствах им всегда позволяли строить молитвенные дома и распространять религию.
         Подобное положение дало возможность уйгурам распространить свою культуру и культуру тюркских народов в этих государства, в том числе в государствах ''Срединной равнины'' - Китае, таких, как династия Северная Сун (960-1124). Об этом свидетельствуют стихи китайских поэтов, живших в период этой династии. Вместе с тем, уйгуры в это время не только интенсифицировали распространение буддизма в таких государствах, как государство тангутов, но и оказывали непосредственное влияние на культуру тангутов. Влияние уйгурской культуры четко прослеживается в скульптурном искусстве и письменности тангутов [17].
         Следует сказать, что буддизм оказал глубокое влияние и на саму культуру уйгуров. Наряду с тем, что буддизм глубоко пропитался в идеологию уйгуров, он повлиял и на их взгляды, на образ жизни, их мировоззрение, взгляд, ценности, менталитет народа.
         Буддийская философия была проникнута многовековыми материальными и идейными философскими мировоззрениями уйгуров. Это отразилось особенно в ряде стихов, созданных уйгурскими поэтами, в прозаических произведениях, в пословицах, поговорках. Были переведены на уйгурский язык буддийские номы. Буддийские философские произведения и религиозные предания были переведены с санскрита, китайского и тохарского языков. К ним относятся "Золотой блеск" (Алтун Ярук), "Биография Сюань Цзана" (Сюань Цзаннин тарджимихали), "Рассказ о двух тегинах" (Икки тегиннин хикаиси), "Повествование о Чаштани илиг беге" (Чаштани Илиг Бег Киссиси) , "Майтрисимит" и др.
         Кучар, Кара-ходжо (Гаочан), Бешбалык являлись самыми известными центрами буддизма. Здесь, в росписях в пещерах "Тысячи Будд" (Минг-ой) весьма ярко изображались сюжеты из буддийских сказаний, преданий и рассказов.
         В Турфанском идыкутстве было в основном широко распространено течение Махаяны [18], хотя были и последователи другого течения - Хинаяны.
         Таким образом, в период Турфанского идикытства буддизм глубоко укоренился в уйгурском обществе, и тем самым явился причиной того, что ислам распространился Турфанской долине с опозданием. Буддизм определенно препятствовал распространению ислама на Востоке и установлению своего господства в этом районе. Это положение продолжалось вплоть до ХV в. , когда ислам стал самым могущественным вероисповеданием в этой части земли. Уйгуры Турфанской долины в конечном счете пошли по пути ислама, который выбрали их собратья, проживающие в долине Тарима. Это положило конец религиозной розни, когда вся нация стала исповедовать общую религию.
         Среди письменных памятников, найденных при археологических раскопках в районе Турфана, имеется много религиозных произведений манихейского и христианского содержания. По определению ученых, можно сказать, что в период Турфанского идыкутства многие уйгуры все еще проповедовали манихейскую религию, в которую они верили еще со времени Уйгурского каганата на Орхоне. Манихейская религия в 762 г. была утверждена в качестве государственной религии Уйгурского каганата, и это продолжалось вплоть до образования Уйгурского Турфанского идыкутства, так как эта религия имела благоприятные возможности для своего развития [19]. В начальный период Турфанского идыкутства эта религия продолжала существовать среди простого народа. Гардизи, проживавший в ХI веке в своем произведении "Зиннат-ул Ахбар" (Украшение известий), пишет о том, что население Кара Кочо верило в религию Мани. Ежедневно около ворот правителя собиралось 300-400 приверженцев этой религии и громко вслух читало произведения Мани. Затем они шли к правителю и, поприветствовав его, расходились [20].
         Китайский посол Ван Яньдэ, который посетил Турфанское идыкутсво в 981-982 гг., также утверждал, что население Кочо исповедовало религию Мани, что здесь даже существовали манихейские дома молитвы [21]
         Религия Мани являлась второй по величине религией в Турфанском идыкутстве и людей, проповедовавших эту религию, было много. Поэтому религия Мани защищалась со стороны Турфанского идыкутсва. Как пишет русский историк В. В. Бартольд, каган токуз-огузов (т.е., уйгуров), узнав о том, что Самаркандское ханство собирается нанести удар по верующим Мани в городе Самарканде, послал туда человека с заявлением о том, что количество проповедующих ислам в Турфанском идыкутстве больше, чем количество исповедующих Мани в Самарканде, и особо напомнил, что если они причинят вред верующим в Мани, то они также подвергнут удару верующих в ислам в Кочо [22]. Поэтому Саманиды исключили этот план из своих действий.
         Из указанных примеров мы узнаем о том, какое важное место занимала манихейская религия в Турфанском идыкутстве. Верующие в религию Мани носили белую одежду. Они собирались вместе и читали молитвы, посвященные Мани. Приверженцы Мани оставили большое количество прекрасных стихов [23].
         В период Уйгурского Орхонского каганата манихеизм являлся причиной возникновения беспорядков, междоусобицы. Хотя манихеизм считался государственной религией, но он не имел возможности объединить весь народ, поскольку многие понятия не соответствовали интересам людей, населяющих пастбища, а именно: не убивать животных, не есть их мясо и не пить молоко. Манихейская религия была принята в период Орхона представителями высших слоев населения, такими, как торговцы, среди которых было много согдийцев, и пользовалась защитой общества ханов, аксакалов (старейшин) и других сил государственного аппарата (определенной его части)[23a].
         Согдийские торговцы воспользовавшись преимуществом манийской религии, чтобы захватить власть, способствовали распаду внутри правящих кругов и междоусобицы между племенами. Убийство сразу 2000 приверженцев манийской религии представителями правящего рода во время политических перемен, происшедших в 786 г., показывает, что религия Мани являлась одной из главных причин противоречий с целью захвата власти в Орде [24].
         Значит, в период Турфанского идыкутства идыкут и его государственный аппарат, сделав выводы из происшедших исторических событий, стали применять в отношении манихейской религии очень тонкую и осторожную политику. Возможно, таким образом они стремились постепенно отдалить эту религию от власти и избавить простой народ, веривший в эту религию еще со времени Уйгурского Орхонского государства, от ее подчинения, и постепенно ослабить позицию этой религии. Местные уйгуры Турфанского района верили в буддийскую религию, а уйгуры, приехавшие из Орхонской долины, привезли с собой манийскую религию.
         Манийская религия реформировала себя в новых политических и социальных условиях и очень умело смешала убеждения буддизма и манихейства, стремясь углубить, укрепить и расширить свои корни в обществе, а также сблизиться с высшими правящими слоями общества, которые считали буддизм своей религией, а также обобществлению своей религии в среде правящих кругов. На деле это являлось тактикой манийской религии, которую они начали с давних времен.
         Турфанское идыкутство допускало высоких представителей религии Мани в государственную политику, но ограничивало их в раскольнических действиях. Одновременно многих из них направляли в качестве послов в Китай [25].
         В период Турфанского идыкутства уйгуры приняли и несторианство, являвшееся одной из течений христианства. Основателем этого направления был Нестор, который жил примерно в 334-440 гг. н. э. В 8 веке эта религия получила распространение в Азии. Среди письменных памятников, найденных в Турфане, имеются отрывки, касающиеся христианской (несторианской) религии. В Турфанской долине существовали христианские церкви [26].
         Француз Виллиам Рубрук во время своего путешествия в Монгольскую империю в качестве посла проезжал через территорию Турфанского государства и оставил много ценных сведений об уйгурах. В основном он описывал положение христианской религии в уйгурском государстве.
         В период Монгольской империи в дипломатической деятельности монгольских ханов в Европе, уйгурские христиане играли достаточно большую роль. Уйгур Раббан Маркос служил в установлении связей с христианскими обществами Европы. Раббан был направлен правителем государства Ильханов в Иране Аргуном в Восточно-римскую империю, в качестве посла [27]. Он там встречался с правителями Англии, Франции и вручил им грамоты, написанные уйгурским письмом и закрепленные печатью Ильханов [28].
         Кроме этих религий в Турфанском идыкутстве продолжали свою деятельность и приверженцы ислама. Однако их деятельность была еще слабой и сталкивалась с ограничениями. В Турфанском идыкутстве существовали и такие религии, как шаманизм и зороастризм.